Según Resolución No. 078 del 29 de enero de 2010, la Superintendencia del Subsidio Familiar dispuso la suspensión del Consejo Directivo, Revisoría Fiscal y Director Administrativo suplente de la entidad e intervenir administrativamente a Comfaboy como alternativa de corrección y saneamiento de falencias encontradas en los procesos administrativos de la Caja. Como Agente Interventor de la Superintendencia fue delegado el Doctor Rafael Trujillo Calderón quien asumirá las responsabilidades del Consejo Directivo; como Director Administrativo fue designado el Doctor Cesar Augusto Caballero Sierra. 

A su llegada, los doctores Caballero Sierra y Trujillo Calderón así como la comisión delegada por la Superintendencia, aclararon enfáticamente que su objetivo es el de corregir y redireccionar algunos procesos de manera que las decisiones que se tomen sean en beneficio exclusivamente de la población afiliada y beneficiaria.

Argumentos extra oficiales dados a conocer por algunos medios de comunicación en los que hablan de posibles fusiones o liquidaciones, carecen de toda validez puesto que este acto administrativo no afectará ninguno de los programas o servicios que viene adelantando la Caja, por el contrario los proyectos y planes operativos para la vigencia 2010 serán cumplidos con la calidad requerida y en el tiempo estipulado de manera que trabajadores, familias afiliadas así como los usuarios en general reciban los mejores beneficios que ofrece el sistema de Compensación para la población más vulnerable; tanto la Superintendencia del Subsidio Familiar como la Dirección Administrativa resalta que Comfaboy es una empresa patrimonio de los boyacenses y como tal seguirá cumpliendo con su misión y propósito social de hacer familias felices seguros que una vez superada esta situación, la entidad volverá a ser administrada por los empresarios boyacenses.

En los próximos días la Dirección Administrativa realizará una rueda de prensa, escenario donde se darán respuesta a las inquietudes que al respecto puedan surgir una vez se concluya el proceso de empalme y diagnóstico de la actual situación de la Caja de Compensación Familiar de Boyacá.